Я всегда думал, что в русском слове "что-что?" мы просто 2 раза говорим вопросительное слово, но, скорее всего, исторически это не так.
В чешском вопросительное слово "что?" переводится как "co?"
Но в русском же еще есть и союз "что" (пример: "Я сказал, что ты молодец")
Союз в свою очередь на чешский переводится как "že" (пример: "Řekl jsem, že jsi moloděc")
(как переводится русское "же" на чешский - пока опустим)
Вопрос можно поставить так: "А какое из "что" мы повторям в "что-что?", союз или вопросительное слово?
Помочь с этим теоретически может чешский. На чешский "Что-что?" переводится как "Cože?". Т.е. чисто теоретичски, в "что-что" у нас два разных "что", а не одно и то же.
Вторым переводом русского "что-что?" на чешский будет "copak?", т.е. "Что потом?"
Из этого можно вычислить, что первое "что" в "что-что?"- вопросительное слово, а второе как раз союз.
Поэтому в следующий раз, когда будете говорить "что-что?", вспомните о том, что второе "что", скорее всего, союз, и предки придумали вот такую игру слов.